单位的车辆违章扣分处理方式如下：
违章扣分应由实际驾驶人处理，需要携带驾驶证、行驶证到所在地的车辆违章中心或交警队服务大厅进行处理。
如果是现场贴罚单的，可以当场缴纳罚款；不是现场罚款的，应当在15日内到指定银行缴纳罚款，逾期不缴纳的，会被加收罚金。
驾驶人可以通过交管12123手机APP查询并处理车辆的违章扣分事宜，包括缴纳罚款。
如果违章时没有对应的派车记录，原则上由该车专职司机和派车人员承担交通违章责任。
如果因为公司领导要求违章行驶，而驾驶员无力阻止，导致的违章罚款，应该由公司承担。
如果因为公司要求驾驶员违章行驶或停车导致记分，公司应该给予驾驶员必要的精神补偿。
行政办应坚持填写派车记录，注明每台车的驾驶员和使用起止时间，在该时间段的交通违章由该驾驶员承担。
违章罚款是不允许报销的，因此驾驶员应该自行承担违章后果。
建议
及时处理：无论是现场还是非现场违章，都应在规定时间内处理，避免产生滞纳金和影响车辆年检。
明确责任：公司应明确车辆违章的责任归属，确保处理过程公正合理。
加强管理：公司应加强对车辆使用的管理，减少不必要的违章发生。
