(1)中央集权的军事领导体制
秦朝统一后，秦王赢政首创皇帝制度，自称始皇帝，确立了皇帝在整个社会生活中至高无上的地位。皇帝执掌全国最高军事权力。形成于战国时期的玺、符、节制度，从此成为皇帝控制军队的重要工具。全国各地军队的调发，将帅兵权的授予，都以皇帝的虎符为凭证。皇帝下面，中央机构设有国尉(也称太尉)，作为全国武官之长，有带兵权，而无调兵权。中央还设有郎中令、卫尉和中尉。郎中令负责皇帝警卫，所属都是军官，有郎中、骑郎之称，是皇帝的贴身侍卫。卫尉所率军队，屯驻于皇宫四周，负责宫门守卫和昼夜巡逻。中尉所率部队屯驻京城内外各要点，负责首都安全，是秦军主力。国家有事发兵时，皇帝往往临时指派将军统军，事毕即解除兵权。各级地方机构也设有主管军事的职官。郡设郡尉，县设县尉，乡设游徼〔jiao教〕。国尉、中尉、卫尉、郡尉均由皇帝亲自任免。这样，从中央到地方，形成一套完整的以皇帝为最高领导的高度集权的军事领导体制。这种体制在中国延续了2000年。在封建社会上升时期，这种体制对巩固国家统一，维护社会稳定，发展封建社会生产力，起到了积极作用，具有进步意义。
(2)全国统一军队的建立
秦朝统一后，国家建立了统一的军队。它由皇帝警卫部队(郎中令和卫尉率领)、都城卫戍部队(中尉率领)、边防部队(边郡都尉统率)和郡县地方部队(郡尉和县尉统率)四部分组成。如果爆发战争，也可能临时组建部队。如秦末农民大起义爆发后，秦二世就命令少府章邯将修建骊山的数十万刑徒武装起来，镇压起义。
秦朝军队的编组形式是部曲制。每部下属若干曲。曲以下有千人(长官称二五百主)、五百人(长官称五百主)、百人(长官称百将)、五十人(长官称屯长)、五人(长官称伍长)等建制。陈胜、吴广在举行起义前所任的职务就是屯长。
秦朝军队以步兵为主，同时还有强大的骑兵和水师。秦始皇陵兵马俑的发现，证实了秦朝军队的强大。而史料上记载的秦始皇三十三年(公元前214年)屠睢率50万水军南攻百越，则说明了秦朝水师的发展。
秦朝的步兵称材官，骑兵称骑士，水军称楼船士，车兵称轻车。
步兵是秦朝军队的主要兵种，有轻装步兵和重装步兵两种。前者不穿铠甲，战时在前排，以弓弩杀伤远距离敌人；后者着铠甲，战时在后排，待与敌接近时，以戈、矛、戟、殳等武器与敌格斗。轻装步兵与重装步兵的区分，是由武器装备和战斗需要决定的，这在军制发展史上是一个进步。
秦朝的骑兵，已配备齐全的鞍鞯〔jian尖〕，但马蹬还没有出现。没有马蹬，骑士两脚悬空，没有着力点，不利于马上格斗，所以秦军骑兵只装备弓箭，适合远距离作战。现代影视作品中有秦代骑兵装备马蹬进行马上格斗的场景，不符合历史，是一种误解。
(3)郡县征兵制的全面推行
秦朝的兵役制度是征兵制。秦律规定，男子17岁必须到国家机关登记(称为“傅籍”)，承担服兵役的义务，直到60岁。凡到傅籍年龄者一律服兵役二年，一年在本郡，一年在京师或边疆，称为正卒。另外，每年还必须在本郡县服役一个月，主要是修城、筑路、运送军需等军事性劳役，称为更卒。由于秦朝多次大规模用兵，实际上征兵时并未完全按制度行事，而是为满足战争需要，无限制地强行征兵，并同时无限制地役使未当兵的农民，为秦朝修宫殿、建陵墓、筑长城。如修筑骊山陵役使刑徒和奴隶70余万，北筑长城动用民力40余万，南戍五岭又用50万人，据估计，秦朝服役的人每年在300万人以上。这一做法直接导致了阶级矛盾的激化。农民阶级由于不堪重压，被迫起义，秦王朝在农民起义的大风暴中很快地走向灭亡。
(4)军事交通和军事通讯制度
秦朝为加强国防建设，修建了直道、驰道和五尺道等军用道路。直道是秦始皇命令大将蒙恬修筑的一条从咸阳经过云阳(今陕西淳化县北)、上郡(今陕西北部)直达九原(今内蒙包头市西北)的军用道路。驰道以京师咸阳为中心，通往全国各地。驰道宽50步，路面经过夯实，路旁每三丈植树一株。五尺道是由四川盆地通向云贵高原的军用道路。这些道路的修筑，对巩固秦朝的统治起到了重要作用。
秦朝还在这些道路的沿线建立了大量的亭、烽燧和邮驿等设施，形成一套较为完备的军事通讯制度。
亭是用于防守和瞭望的军事设施。秦在边境沿线和内地各军事要道上设亭。亭的任务除守望外，还要承担接待过往军人、官吏，监送服役人员前往役所和追捕盗贼、维持治安等任务。内地人烟稠密地区，一般每10里设一亭，边境人烟稀少地区则30里设一亭。亭置亭长一人，亭父、求盗各一人，直属县尉。亭与亭之间有通道相连。绵延相续，便于交通联络。
烽燧也称烽火台，是边防报警设施。秦朝在边境线及边境线与各级边防指挥部之间均设有烽燧。大致每30里设一个，有燧长一人、燧卒数人，由边防戍守部队派出。烽燧设在高地，筑楼约五丈高，楼上树着一根三丈长的木杆，杆顶头吊一横杆，杆上系着一个内装柴草的笼子，一有情况，立即按规定信号点燃笼草报警。白天发烟，晚上举火。相邻烽燧一见烟火，便立即依次传递。举火或发烟的同时，还要按预定信号擂鼓，向烽燧附近的亭塞报告，使戍守部队能迅速作出反应。由于亭燧的任务密切相关，所以有亭又有燧的地方，两者往往结合在一起。
邮驿制度起源于西周，秦代趋向完备。邮是徒步通讯，驿是乘马通讯。大致是五里一邮舍，30里一驿站。传递和接受文书，都要登记收发的时间，以备核查。机密的军事文书一般不让驿卒或邮卒传递，而是由军官或士兵专程传送，沿途只换驿站准备的马，而不换人。由于邮驿的完备，秦代文书的传递速度很快，一天可传500里。
(5)军功爵制及其对秦朝的影响
秦自商鞅变法，实行“利禄、官爵专出于兵”的政策，这就是著名的军功爵制。这一制度，当时曾动员秦国军民“竭其股肱之力，出死力为上用”，使秦国“兵无敌而令行于天下”，对最后统一六国起了积极作用。秦统一后，这一制度仍坚持实行。李斯当丞相时，依然是“官斗士，尊功臣”，从而在全国形成一个军功地主阶级。这些军功地主们，依靠授爵，掌握了各级政权。他们以征战为常事，以杀人为荣耀，进入和平时期后，便转化为对农民的极其残酷的剥削和压榨。秦朝毫无节制地役使全国民众，便是其残暴统治的集中体现。结果，在短短的10多年中，社会矛盾空前激化，广大人民忍无可忍，被迫揭竿而起，反对暴政。这不能不说是军功授爵制带来的反面影响。
