小区房屋顶漏水的问题，可以采取以下步骤进行处理：
首先需要确定漏水的原因，这可能是由于防水层损坏、管道破裂、维修不当等原因造成的。
根据《建设工程质量管理条例》，商品房的楼顶防水层质保期为5年。如果漏水发生在保修期内，应由开发商负责维修。
如果漏水问题在保修期内，应尽快联系开发商，要求其进行维修。如果开发商拖延或拒绝维修，可以向消费者协会、住建部门和质监部门投诉，并准备通过司法途径解决。
如果漏水问题超出保修期，则需要根据《民法典》和《物权法》等相关法律规定，由业主共同承担维修责任。此时，可以申请使用小区的专项维修资金进行维修，或者由本栋楼全体业主共同出资维修。
在确定责任方后，应首先尝试与相关方协商解决，包括物业公司、开发商或其他责任方。可以通过协商确定维修方案和费用分摊。
迎水面修补：翻开屋面，找出漏点，重做防水卷材并补上刚性屋面。这种方法较为彻底，但需要较大的人力和物力投入，并需要动用物业维修基金。
背水面修补：在漏水点注入防水胶，使混凝土密实。这种方法只能解决眼前问题，不能根治，且未来可能会有再次漏水风险。
物业公司应定期检查楼顶防水情况，及时发现和处理潜在问题。
在购房合同和物业管理合同中明确各方的责任和义务，以避免纠纷。
如果协商和调解均无法解决问题，可以通过法律途径解决纠纷。需要聘请专业律师，并准备好相关证据。
通过以上步骤，可以有效地解决小区房屋顶漏水的问题，并防止类似问题的再次发生。
