企业病假工资的扣除方法如下：
企业可以根据自身的工资制度对病假工资进行扣发，例如规定病假期间只发基本工资或者按照病假天数扣发工资等。
在劳动合同规定的病假期内，企业应当按照工资总额的80%支付工资。
超过劳动合同规定的病假期的，企业可以停止支付工资。
对于患工伤或者职业病的员工，在医疗期内，企业应当按照工资总额的100%支付工资。
连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发。
连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发。
连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发。
连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发。
连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
病假工资的计算基数通常是劳动合同约定的月工资标准，如果没有约定，则按正常出勤月工资的70%作为计算基数。
病假工资的计算基数不得低于当地最低工资标准的80%。
病假工资 = 计算基数 / 21.75（月计薪天数）× 计算系数 × 病假天数。
病假期间，企业不得扣除年终奖、交通补贴、工作餐补贴、住房补贴、中夜班津贴、夏季高温津贴和加班工资等额外收入，这些补贴和津贴属于特殊情形支付，法律明确规定不能计入病假工资基数。
综上所述，企业在扣除病假工资时，应遵循相关法律法规和公司制度，确保病假工资的合法性和公平性。同时，病假工资的计算应基于员工的工龄和病假天数，并且不得低于当地最低工资标准的80%。
