综合工时制度的审批流程如下：
员工在每周末或每月底之前提交下周或下月的工时申请表。
工时申请表包括员工的基本信息、工作日期、工作时间、加班情况等。
员工需要在申请表上签字确认，并交给直接主管审核。
直接主管审核员工提交的工时申请表，确认工时和加班情况是否属实。
主管核实员工的工作情况与实际工时是否相符，并在申请表上签字确认。
如果主管对员工的工时有异议或需要进一步核实，可以与员工沟通或要求员工提供证明材料。
直接主管审核完工时申请表后，将表格提交给部门负责人审核。
部门负责人审核员工的工时申请表，确认员工的工作情况和加班情况是否符合公司规定。
部门负责人签字确认后，将申请表交给人力资源部进行最终审批。
人力资源部收到员工提交的工时申请表后，核实员工的工时与加班情况是否符合公司政策和法律法规。
人力资源部对员工的工时进行综合审核，确认员工的工时是否合法有效。
人力资源部签字确认后，将申请表归档并进行记录，用于下次绩效评定和薪酬发放。
人力资源部审核完工时申请表后，将员工的工时录入公司的打卡系统中。
建议
企业在申请综合工时制时，需要满足相关条件，如全体员工同意、工资总额不低于当地最低工资标准、上年度无重大安全事故等。
企业需要向当地劳动行政部门提出申请，提交完整的申请材料，包括企业章程、员工同意书、工资总额计算表、加班补贴方案等。
劳动行政部门会对企业申请的综合工时制进行审批，包括审查申请材料、现场检查、听取员工代表意见等，审批通过后，劳动行政部门会颁发综合工时制批准证书，并通知相关部门和单位，企业可以按照批准的综合工时制进行劳动安排。
